Ожидается, что отделение грузовика от третьей ступени ракеты произойдет в 08:05 по московскому времени, а стыковка корабля с Международной космической станцией (МКС) состоится 5 июля в 10:13 московского времени. Контролировать стыковку грузовика к отсеку «Пирс» российского сегмента станции будут космонавты Геннадий Падалка и Михаил Корниенко. Кроме них, в составе 44-й экспедиции на МКС находится американский астронавт Скотт Келли.

В целях тестирования систем корабля после аварии грузовика «Прогресс М-27М», произошедшей 28 апреля 2015 года, специалисты Роскосмоса решили использовать не применявшуюся с 2012 года года короткую схему полетов к МКС (длящуюся шесть часов), а также заменить ракету «Союз-2.1а» на «Союз-У».

Ожидается, что «Прогресс М-28М» доставит на МКС 2,4 тонны груза, в том числе топливо, кислород, воду, а также продукты питания (на 100 килограмм больше, чем в предыдущей миссии). На «Прогресс М-28М» к МКС в том числе отправятся американские груз (186 килограммов) и научное оборудование (55 килограммов). В целом состав всех грузов аналогичен тем, которые нес «Прогресс М-27М».

Старт следующей пилотируемой экспедиции к МКС намечен на 23 июля в 00:02 по московскому времени. В состав 45-го экипажа МКС войдут россиянин Олег Кононенко, американец Челл Линдгрен и японец Кимия Юи. Этот старт был перенесен с 26 мая из-за аварии грузовика «Прогресс М-28М».

Кроме «Прогресса М-27М», до МКС не долетел частный американский грузовик Dragon. Стартовавшая 28 июня 2015 года в 17:21 московского времени с космодрома на мысе Канаверал несшая его ракета Falcon 9 взорвалась на третьей минуте старта. До этого российская ракета «Протон-М», которая должна была вывести на орбиту мексиканский телекоммуникационный спутник MexSat-1, взорвалась 16 мая 2015 года.

Неполадки с пусками российских и американских носителей привели к сдвигу графиков пусков, изменению их стоимости (из-за увеличения страховых взносов) и масштабным проверкам на предприятиях отрасли.