Пенитенциарная система России, находящаяся в ведении ФСИН, нуждается в совершенствовании как по мнению правозащитников, так и по мнению российских властей. Как констатировало в 2010 году федеральное правительство, число заключенных в России высоко, тюрьмы и следственные изоляторы переполнены, условия содержания ухудшаются, права осужденных нередко нарушаются, более 90% заключенных состояли на диспансерном учете, в том числе 16% из-за активного туберкулеза, вирусного гепатита или ВИЧ и 10% из-за алкоголизма или наркомании. Несколько фигурантов громких дел скончались в СИЗО, в частности предпринимательница Вера Трифонова (2010) и юрист Сергей Магнитский (2009), чья смерть стала поводом к антироссийским санкциям США.

Как выяснили «Известия», решение о фактической приостановке всей тюремной реформы было принято после заседания межведомственной рабочей группы при Минюсте РФ, которая занималась пересмотром и корректировкой основных положений Концепции развития уголовно-исполнительной системы (УИС) до 2020 года.

«В середине сентября рабочая группа приняла окончательный вариант новой редакции концепции развития УИС, который направлен на утверждение в правительство. В документ было внесено больше десятка различных поправок, а также полностью исключено положение №2 „Реформирование системы учреждений, исполняющих наказание в виде лишения свободы, и совершенствование их организационно-структурного построения“», — сообщил «Известиям» источник во ФСИН.

Именно это положение, как уточняет газета, лежит в основе масштабной тюремной реформы, о начале которой в 2009 году заявил, будучи президентом РФ, Дмитрий Медведев. Реформа, в частности, предполагает отказ от коллективного содержания осужденных, раздельное содержание заключенных с учетом тяжести преступления, усиление психолого-педагогической работы с осужденными и более широкое применение наказаний, не связанных с лишением свободы. В Минюсте России ранее признали, что реформа идет не так быстро, как хотелось бы, из-за недостаточного финансирования.

В конце 2013 года разгорелся скандал вокруг слов первого замглавы ФСИН генерал-лейтенанта Эдуарда Петрухина о «провальности» реформы. Это заявление генерал сделал после ЧП в колонии челябинского Копейска, где заключенные устроили акции неповиновения. По словам Петрухина, «реформа писалась без учета мнения правозащитников и нуждается в корректировке». Однако министр юстиции позже заявил, что реформа пенитенциарной системы идет в верном направлении, несмотря на некоторые проблемы в ее реализации.