1957 год, разгар "холодной войны". Индиана Джонс неожиданно оказывается под жестким прессом ФБР, подозревающим его, профессора археологии, героя нескольких войн и бывшего агента разведки, в шпионаже в пользу Советского Союза. Подозрения оказываются настолько серьезными, что Джонсу, вернувшемуся было к преподавательской работе, приходится покинуть Маршалл-колледж, чтобы избежать позорного увольнения. В поисках нового места для жизни и работы Индиана встречает паренька по имени Мэтт Уильямс, который просит его о помощи. Гарольд Оксли, близкий друг и коллега профессора Джонса, оказавшийся также и другом матери Мэтта, пропал где-то в Перу, куда ездил на поиски таинственного золотого города Акатора, более известного под названием Эльдорадо. Незадолго до своего исчезновения он успел передать Мэтту письмо, в котором содержатся ребусы в виде неизвестных иероглифов. Отправившись в Перу, археолог вместе с Мэттом вскоре обнаруживает не только старого друга, но и то, что в свою очередь обнаружил тот - загадочный хрустальный череп, явно нерукотворный. Согласно древней легенде тот, кто вернет хрустальный череп в святилище, обретет безграничную власть. Друзья направляются в святилище, чтобы вернуть череп на место...