АФК «Система» в 2009 году купила «Башнефть», в августе 2014 года по факту сделки было возбуждено уголовное дело. Принадлежащие «Системе» акции «Башнефти» арестованы. В начале августа СМИ писали, что башкирской компанией интересуется «Роснефть». Основной акционер «Системы» и один из богатейших бизнесменов страны Евтушенков был обвинен в отмывании денег и во вторник помещен под домашний арест. Пресс-секретарь президента России Дмитрий Песков, отвечая на вопрос о политической подоплеке дела и попытках провести параллели с делом ЮКОС, заявил РИА Новости, что «абсолютно неверно и абсурдно пытаться окрасить эту историю в какой-либо политический цвет».

Ходорковский в публикуемом в среду интервью «Ведомостям» предположил, что «Роснефть» нацелилась на приобретение «Башнефти», уступить которую на предложенных ему условиях Евтушенков отказался. «Владимир Евтушенков уперся, он не хотел передавать свое имущество на тех условиях, которые ему, видимо, предлагали. Ну и было решено действовать давно известным методом. Я думаю, что здесь ничего другого нет», — сказал экс-глава ЮКОС.

При этом он считает, что между делом ЮКОС и нынешним процессом есть существенные различия. «Дело ЮКОСа все-таки было основано скорее на общественно-политическом конфликте… А здесь чисто коммерческий интерес — прямое использование такой ситуации», — сказал экс-глава нефтяной компании.

Ходорковский был арестован в 2003 году, в 2005 году осужден за мошенничество и уклонение от уплаты налогов, в 2010 году — за хищение нефти и отмывание денег, а в конце 2013 года помилован после десяти лет заключения. Его компания ЮКОС была признана банкротом (2006), а ее основные активы впоследствии отошли государственной «Роснефти». Европейский суд по правам человека признал процессы несправедливыми, но не усмотрел политической подоплеки (2011).

Экс-глава ЮКОС также высказал свои предположения о дальнейшем развитии ситуации. По его словам, если Евтушенков уступит «на тех условиях, которые устроят тех людей, которые этим занимаются, то тогда будет сценарий Гусинского». «А если нет, то я боюсь, что ситуация будет пожестче», — полагает Ходорковский.

Владимир Гусинский, в 1990-х годах наряду с Ходорковским один из крупнейших российских бизнесменов, владел крупным медиахолдингом. В 2000 году он был обвинен в отмывании денег и несколько дней провел под арестом, в 2001 году его медиаактивы выкупил холдинг «Газпром-медиа».

В этой связи Ходорковский посоветовал Евтушенкову пойти на соглашение. «Если у Евтушенкова есть возможность идти на соглашение — надо идти на него… Я бы не увидел в этом никакого позора и неудобства, если бы он договорился на любых условиях», — сказал экс-глава ЮКОС в интервью РБК.

Он также рассказал, что давно знаком с 65-летним Евтушенковым. «Я хорошо знаком с Владимиром, мы с ним закончили один факультет, в одном институте (Московский химико-технологический институт). Он старше меня на пятнадцать лет, я даже у него на заводе работал, когда он был начальником цеха (на Карачаровском заводе пластмасс)», — рассказал Ходорковский.