По его словам, Кишиневу «неинтересно» становиться частью какого-либо военного блока, и эту позицию разделяет большинство граждан страны. Додон отметил, что Молдавия должна стать мостом между Востоком и Западом и дружить со всеми сторонами, исходя из своих интересов.

В сентябре 2017 года контингент из 57 военнослужащих армии Молдавии прибыл на учения НАТО Rapid Trident-2017, хотя до этого Додон два раза заявлял, что запретил силовикам участвовать в маневрах. Он напомнил, что по конституции страна является нейтральным государством. В свою очередь, премьер-министр Молдавии Павел Филип на заседании кабмина призвал министров найти возможность отправить молдавский контингент на учения.

В июне 2017 года Додон заявил, что выступает даже против рассмотрения вопроса о вступлении страны в НАТО. «Это война для Молдавии. Антироссийскими мы точно не будем, антизападными — знаете, по некоторым позициям будем», — указал президент.