Официально о том, что Путин обсуждал с патриархом вопрос передачи Исаакия, не сообщалось. Пресс-секретарь Путина Дмитрий Песков заявил РБК, что согласовывать передачу религиозных объектов «не прерогатива президента». Последняя официальная встреча Путина с главой РПЦ в 2016 году была 22 ноября — президент поздравил патриарха с 70-летием. 1 декабря патриарх слушал послание Федеральному собранию Путина, а 28 декабря принял участие в торжественном новогоднем приеме в Кремле, где был и Путин.

Губернатор Санкт-Петербурга Георгий Полтавченко с Путиным и руководством страны о передаче Исаакия РПЦ не общался, говорил РБК в феврале федеральный чиновник.

Решение о передаче Исаакия Полтавченко принял после встречи с патриархом Кириллом в декабре 2016 года, сказали РБК источник в музейных кругах Петербурга и два собеседника, близкие к администрации города.

Патриарх посещал город с 17 по 19 декабря, говорится на сайте Санкт-Петербургской митрополии. В его честь состоялись два приема — церковный в Санкт-Петербургской епархии и светский от имени Полтавченко, в государственной резиденции «К-2» на берегу Малой Невки, рассказали РБК собеседник, близкий к епархии, и чиновник городской администрации.

Публично о передаче Исаакия на приеме в резиденции не говорилось ни слова, сказал РБК чиновник, присутствовавший на светском мероприятии, и подтвердил еще один приглашенный. Но в этот же вечер состоялась закрытая встреча патриарха и Полтавченко, говорят два других собеседника, близких к городской администрации; там и было решено, что Исаакий будет передан РПЦ

Когда Полтавченко рассказал директору музея «Исаакиевский собор» Николаю Бурову о передаче собора РПЦ — читайте в расследовании РБК

Вскоре о принятом решении узнали СМИ. О грядущей передаче со ссылкой на собственные источники 30 декабря сообщила «Фонтанка», а после Нового года уже сам Полтавченко подтвердил эту информацию ТАСС. «Вопрос решен», — заявил он.

До того как патриарх подключился к решению вопроса о передаче Исаакия РПЦ, Полтавченко занимал иную позицию, выяснил РБК. В распоряжении РБК оказалось письмо Полтавченко на имя главы Минэкономразвития Алексея Улюкаева от 18 мая 2016 года, в котором губернатор выступил против передачи Исаакия. Так губернатор ответил на обращение митрополита Санкт-Петербургского Варсонофия премьер-министру Дмитрию Медведеву с просьбой посодействовать в передаче церкви Исаакия, собора Спаса на Крови и других объектов. Варсонофий написал письмо Медведеву в июле 2015 года.

«Передача соборов в безвозмездное пользование епархии приведет к фактической ликвидации одного из самых востребованных и посещаемых музеев Санкт-Петербурга», — пишет Полтавченко в письме. Заявка Варсонофия «вызвала широкое общественное обсуждение», большинство граждан высказались категорически против передачи соборов епархии, — сообщал губернатор.

Если решение передать соборы церкви будет принято, это станет прямым нарушением установленных законом прав граждан и приоритета прав человека по отношению к правам религиозной организации, настаивал Полтавченко.

Исаакиевский собор он называл единственным музеем страны, полностью существующим за счет собственной деятельности без дотаций из госбюджета. В случае же передачи Исаакия обязательство по финансированию его «содержания, охраны и реставрации будет возложено на правительство Санкт-Петербурга», а это «в условиях дефицита городского бюджета» необоснованно, подчеркивал Полтавченко. К вопросу передачи Исаакия губернатор предложил вернуться после того, как будут определены постоянные источники его финансирования.

В аппарате правительства РБК подтвердили, что Полтавченко тогда посчитал передачу двух соборов преждевременной. ​В Минэкономразвития, которое собирало Медведеву отзывы от ведомств и готовило общую позицию, указывали, что вопрос о передаче собора находится в ведении городских властей, потому что храмы — в собственности Санкт-Петербурга.