По его оценке, такие версии освобождения Ходорковского, как: «Путин проявил «милосердие», дал «сигнал своему окружению — прекращайте охреневать», «озаботился репутацией страны как демократического государства», послал сигнал Западу перед Олимпийскими играми в Сочи или пошёл на поводу у «германской тайной дипломатии» несостоятельны, а некоторые даже вызывают недоумение.

Главной и наиболее реальной версией экс-советник Путина считает «сделку тысячелетия» — операцию обмена. Как полагает Илларионов, участниками операции обмена являются двое — «Хозяин железного ларца» и его недавний узник, а предметом обмена — оставшиеся за решёткой Платон Лебедев и Алексей Пичугин.

При этом, как считает Илларионов, освобождая Ходорковского, Путин уже пошёл на ряд уступок. В частности, он отказался от требования о признании узником вины, сам де-факто признал, что обвинения Ходорковского в насильственных преступлениях лишены оснований, отказался от развития «третьего дела», выпустил своего узника раньше срока, дал ему возможность выехать за границу при наличии около $ 550 млн налоговой задолженности, и при всём этом сам нарушил законодательство.

«Единственной серьезной причиной, различаемой на политическом горизонте, является не Сочи, а Гаага. Правда, это пока не та Гаага, о которой читатель, возможно, подумал. Речь идет о другом — о неумолимо приближающемся решении Международного суда в Гааге по иску акционеров ЮКОСа к Российской Федерации. Размер иска — $ 98 млрд. Это крупнейшая в мировой судебной истории, поистине астрономическая сумма. Если Гаагский суд примет решение в пользу акционеров, даже не удовлетворив их иск полностью, то это будет чудовищным ударом по нынешнему кремлевскому режиму и лично по В.Путину. И с точки зрения права. И с точки зрения репутации. И с точки зрения финансов», — констатировал Илларионов в ЖЖ.

Он отметил, что будущее решение Гаагского суда сегодня неизвестно, однако, видимо, у Путина были основания опасаться последствий.

«Судя по реакции ХЖЛ (то есть В. Путина — прим. uralweb), осуществившего беспрецедентную операцию по заброске Михаила Ходорковского из Сегежи в Европу, Гаагский суд, пусть в какой-то части своего решения, но склоняется к поддержке иска акционеров. Похоже, что спусковым крючком к началу этой операции стало поступление 18 октября 2013 года в правительство Самарской области предписания по исполнению решения Федерального окружного суда Нью-Йорка, обязавшего ОАО „Самаранефтегаз“ выплатить акционерам ЮКОСа $ 186 млн. Это предписание относится к ряду тех самых предложений, от исполнения которых ХЖЛ не может отказаться», — отметил Илларионов.

Как добавил экс-советник Путина, судя по всему, в Гааге не смогли дать желаемого эффекта ни традиционно применяемые российской стороной методы невербального убеждения, ни работа нанятой ею одной из самых опытных в мире юридических фирм.

«Судя по всему, у ХЖЛ остался последний аргумент — Михаил Ходорковский», — предположил Илларионов.
Кроме того, как он отметил, Ходорковский не раз публично заявлял, что приоритетным делом для него сейчас является освобождение Лебедева и Пичугина. «Похоже, теперь у нас есть шанс стать свидетелями „сделки десятилетия“ — обмена освобождения П. Лебедева и А. Пичугина на мировое соглашение акционеров ЮКОСа с кремлевским режимом по 100-миллиардному иску», — заключил Илларионов.