В середине октября 2018 года Андраник Арустамян поехал в свою уже вторую по счету командировку в Сирию. В начале ноября он погиб на КПП перед въездом на российскую военную базу. По официальной версии, которую Миноброны сообщило только родным военнослужащего, перед подъехавшим туда военным «Уралом» сдетонировали противотанковые мины, установленные на специальном шлагбауме. Они должны были защищать российских военных от начиненных взрывчаткой машин со смертниками, которые активно используют боевики «Исламского государства» (террористическая группировка, запрещенная в РФ).

Оборонное ведомство последний раз официально признавало потери России в Сирии в начале осени, когда 17 сентября сирийские ПВО по ошибке сбили российский Ил-20 с 14 военнослужащими на борту.

Факт гибели Арустамяна ведомство решило не предавать огласке. В справке по факту гибели военнослужащего 1-го батальона 21-й мотострелковой бригады 2-й армии младшего сержанта Андраника Арустамяна, которую командование бригады передало его родным, указано, что трагедия в Аш-Шуле произошла не 4-го, а 2-го ноября.

«В 08:12 (мск) 02 ноября 2018 г. мл. ст. Арустамян А. Н. находился в командировке специальных задач САР (с 14.10.2018 г.) ОГ Эс-Шала на КПП при открывании минного шлагбаума не удержал и опрокинул его. — сказано в документе. — В результате чего при падении шлагбаума произошел подрыв четырех мин. Мл. ст. Арустамян А. Н. получил травмы не совместимые с жизнью».

Всего с начала операции в Сирии в сентябре 2015 года Минобороны России признало гибель 108 военнослужащих. 41 военный погиб в первые два года операции. В декабре 2017 года президент РФ Владимир Путин объявил о выводе «значительной части» воинского контингента, объяснив это решение разгромом «наиболее боеспособной группировки международных террористов». За прошедший с этого момента год министерство обороны признало гибель еще 67 человек.

При этом только летом 2017 года журналисты Reuters называли число погибших в Сирии российских военных, которое вчетверо превышало данные Миноброны РФ.